W 1582 roku, po pokoju w Jamie Zapolskim południowe tereny obecnej Estonii stały się częścią Rzeczypospolitej Obojga Narodów.
Administracyjnie były częścią województw parnawskiego i dorpackiego. Parnawa i Dorpat (obecnie Tartu) były najbardziej na północ wysuniętymi miastami wojewódzkimi w historii Polski, a Laiuse było najbardziej na północ położoną siedzibą starostwa. Dorpat (obecnie Tartu) jest miastem mającym szczególne więzi z Polską – w tym okresie (1583) w mieście ufundowana została szkoła jezuicka Gymnasium Dorpatense, a król polski Stefan Batory nadał miastu flagę w polskich barwach narodowych.
W 1584 roku król nadał Dorpatowi prawo składu. W 1586 powstało tutaj kolegium jezuickie. Od 1598 roku miasto było stolicą województwa dorpackiego (do 1660).
Choć polska dominacja na ziemiach Estów nie trwała długo, to jednak zaznaczyła swój ślad w historii Republiki dość wyraźnie. Ma to związek z Uniwersytetem Tartuskim. Historia uczelni sięga końca XVI wieku, kiedy to decyzją Stefana Batorego utworzono środek jezuicki, przekształcony później w kolegium. Przy nim powołano do życia również seminarium oraz gimnazjum. Kiedy Królestwo Polskie przeszło w ręce Szwedów placówki te zostały przekształcone przez króla Gustawa II Adolfa w uniwersytet. Od samego początku istnienia uczelni Polacy odgrywali tu dość znaczącą rolę. Uniwersytet ten wykształcił, bowiem wielu Polaków. Słynne określenie “dorpatczyk” nie tylko oznacza absolwenta uniwersytetu, ale przede wszystkim oznacza człowieka o wysokich kwalifikacjach zawodowych, wszechstronnie wykształconego, o wysokiej kulturze osobistej. “Dorpatczyk” w Polsce cieszył się wielkim poważaniem i szacunkiem.
Tartu ze względu na istnienie uczelni stał się kulturalną i naukową stolicą Estonii.
Związki Dorpatu ze współczesną Polską są raczej luźne, ale istnieją, o czym świadczy m. in. pamiątkowa tablica wmurowana w ścianę jednego z budynków uniwersytetu (jest to najprawdopodobniej budynek dawnego kolegium jezuickiego). Przypomina ona, że to polski król Stefan Batory powołując do życia kolegium jezuickie, zainicjował chlubną historię akademickiego Dorpatu. Przypomina także, że Stefan Batory nadał miastu przywilej używania barw białej i czerwonej, które do dnia dzisiejszego wyróżniają miasto Tartu.
Wiele wybitnych osobistości ukończyło Uniwersytet Tartuski. Absolwentami Dorpatu byli m. in. Władysław Raczkiewicz – prezydent RP na uchodźstwie (1939–1947), Ignacy Baudouin de Curtenay (Jan Niecisław Ignacy Baudouin de Courtenay – polski językoznawca, uznawany za jednego z najwybitniejszych w historii dyscypliny. W latach 70. i 80. XIX wieku twórca szkoły kazańskiej w językoznawstwie. Wprowadził termin fonem w znaczeniu zbliżonym do współczesnego. Publicysta społeczny. Propagował także esperanto), Benedykt Dybowski (Benedykt Tadeusz Dybowski herbu Nałęcz – polski przyrodnik, podróżnik, odkrywca i lekarz, badacz Bajkału, Dalekiego Wschodu i Kamczatki, profesor Uniwersytetu Lwowskiego i Szkoły Głównej Warszawskiej, uważany za jednego z ojców polskiej limnologii) i Aleksander Czekanowski (polski podróżnik i geolog, badacz Syberii Środkowej). Ponadto dziewięciu Polaków otrzymało doktoraty honoris causa (w 1930 roku doktorem honorowym prawa został Ignacy Mościcki).
Do najbardziej znanych absolwentów obok Wilhelma Friedricha Ostwalda ( laureat Nagrody Nobla w dziedzinie chemii w roku 1909) zaliczyć należy również Tytusa Chałubińskiego*, którego związki z pewną damą i przyjacielem Kazimierzem Krzywickim zaowocowały powszechnie znanym krzyżem na Gubałówce.
Kazimierz Krzywicki z krótkimi przerwami należał do grona najbliższych przyjaciół wybitnego lekarza Tytusa Chałubińskiego, z którym wspólnie studiowali na uniwersytecie w Dorpacie w latach 1840–42. Kiedy Chałubiński wyjeżdżał do Würzburga dla kontynuowania studiów (1843–45), powierzył mu opiekę nad swoją narzeczoną Antoniną Wilde. Krzywicki ożenił się z Antoniną. Po pewnym czasie obaj pogodzili się i powrócili do serdecznej przyjaźni. Polityk doprowadził do uwolnienia profesora, gdy ten podczas powstania styczniowego został osadzony na Pawiaku, i sprowadził go do siebie do Drezna. Niebawem Tytus i Antonina na powrót zapałali do siebie uczuciem; w roku 1869 dawna panna Wilde rozwiodła się z Krzywickim i wyszła za mąż za Chałubińskiego. Również i tym razem niezgoda nie trwała długo: w roku 1873 profesor wystawił żelazny krzyż na Gubałówce jako pamiątkę drugiego pojednania z przyjacielem (powszechnie a mylnie uważa się, że jest to wotum za opanowanie epidemii cholery).
Jan Nowak
*Tytus Aureliusz Chałubiński (ur. 29 grudnia 1820 w Radomiu, zm. 4 listopada 1889 w Zakopanem) – polski lekarz, profesor patologii, botanik (briolog), działacz społeczny i polityczny, filantrop, wykładowca akademicki, filozof medycyny, taternik i miłośnik przyrody, powstaniec węgierski, pisarz. Jako pierwszy lekarz pochodzenia polskiego zdobył międzynarodową sławę i poważanie; niekiedy uznawany za najwybitniejszego Polaka drugiej połowy XIX wieku. Był współtwórcą Towarzystwa Tatrzańskiego i jednym z pierwszych badaczy przyrody tatrzańskiej. Na jego cześć nazwano Wrotami Chałubińskiego jedną z przełęczy w głównej grani Tatr. Popularyzator Zakopanego, w dużym stopniu przyczynił się do rozwoju tej miejscowości. Był jednym z prekursorów polskiego klimatolecznictwa; jego staraniem Zakopane zyskało pod koniec XIX wieku status stacji klimatycznej jako kurort wspomagający leczenie chorób płucnych.
